Aan het einde van de Tweede Wereldoorlog hebben een uiterst geheime Japanse onderzeeër en een Amerikaanse onderzeeër een fatale ontmoeting en beide gaan verloren. Vijftig jaar later worden de afstammelingen van de officieren van de onderzeeërs door de Verenigde Naties in een nieuwe geheime onderzeeër gestuurd om mysterieuze incidenten op Antarctica te onderzoeken die in verband kunnen worden gebracht met de verdwijningen van de oude onderzeeërs, en die ook de voorbode kunnen zijn van een invasie door buitenaardse wezens van diep in de aarde.