제2차 세계대전 말기, 일본의 극비 잠수함과 미국 잠수함이 치명적인 조우 끝에 충돌하며 두 함정 모두 실종된다. 그로부터 50년 후, 두 잠수함 장교들의 후손들은 유엔의 지시에 따라 최신예 비밀 잠수함에 탑승해 남극에서 발생하는 정체불명의 사건들을 조사하게 된다. 과거 잠수함 실종과 연관되어 있을 가능성이 있으며, 더 나아가 지구 깊은 곳에서 기원한 외계 세력의 침공 전조일 수도.....?