세계 대전의 불씨가 되살아난 쇼와 12년(1937년) 가을, 제국 육군의 유키 중령에 의해 스파이 양성 부문 'D 기관'이 극비리에 설립된다. 본토 출신의 군인을 존중하는 육군의 풍조에 반하여 기관원으로 뽑힌 것은 도쿄와 교토에 있는 일반 대학을 졸업하고 초인적인 선발 시험을 아무렇지 않게 거친 젊은이들이었다. 그들은 마술사 같은 지략을 가진 유키 중령에게 폭약과 무전 조작법, 자동차와 비행기 조종법은 물론이고 소매치기, 금고털이 기술에 이르기까지 스파이 활동에 필요한 온갖 기술을 익히고 임지(任地)로 떠난다. 「죽지 마라, 죽이지 마라」―― 눈에 띄지 않는 것을 중시하는 스파이에게 자결과 살인은 최악의 선택지라는 D 기관은 육군 중심부로부터 심한 반발을 받아도 아군을 속이고 적의 의표를 찔러 세계 속을 암약한다. 도쿄, 상하이, 런던…… 세계 각지에서 벌어지는 인텔리전스 미스터리.