En el siglo XXXI la Tierra cae bajo el dominio del malvado emperador Bola de Billar IV, que odia a la gente con pelo, probablemente por envidia. Por eso decide crear un ejército de Cazadores de Pelo, que se dedica a rapar a la gente de todo el mundo. Bobobo, que desde pequeño tuvo la especial habilidad de comunicarse con su propio pelo, se ve empujado a luchar contra Bola de Billar IV, y toma el seudónimo de "El liberta-cabelleras". Con la ayuda de cada vez más personajes igual de variopintos que él, irá derrotando a las diferentes divisiones del ejército del malvado emperador, hasta crear un mundo en el que el pelo de la gente pueda ser libre...