Con todas las Cartas Clow recuperadas y transformadas en sus propias Cartas Sakura, Sakura Kinomoto comienza su primer año en la Escuela Secundaria Tomoeda. Tras su primer día de clases, Sakura se reencuentra con su amor, Shaoran Li, quien le informa que regresará definitivamente a Tomoeda. Para su sorpresa, resulta que Shaoran asistirá a la misma escuela y parece que la vida de Sakura va por buen camino. Sin embargo, al dormirse, se encuentra en sueños con una misteriosa figura encapuchada y se encuentra rodeada de cartas transparentes. Al despertar asustada, Sakura se sorprende al ver que su sueño se ha hecho realidad: las Cartas Sakura se han vuelto transparentes. Los continuos encuentros oníricos con el enemigo desconocido y la obtención de una nueva llave mágica preparan el escenario para la nueva aventura de Sakura, la Cardcaptor.