4月，“我”来到东京读大学，开始了独居生活。没有朋友，没有对象，大学的课无聊至极，无法顺遂心愿做自己想做的事。这样让人郁闷憋屈的日子里，在深夜兼职的归家路上，“我”经常会遥望东京塔。某天，充满疑团的“黑衣人”突然出现在我面前。而正是这两个人，推翻了“我”平凡乏味的日常生活。善于迅速掌握人的心理，具有领袖气质的“黑衣人”，通过层层引导，促使“我”做出了许多恶作剧。与此同时，“我”和在“捉迷藏同好会”遇见的充满魅力，飒爽聪颖的“学姐”之间的距离逐渐拉近，对她的爱慕情感悄悄地点亮了“我”的日常。然而，“黑衣人”和孤独的同好们言行愈发激烈，把“我”和“学姐”卷入其中的宏大计划——“东京破坏计划=午夜少女战争”在暗中秘密启动……