Odległa przyszłość. Po dwunastu tysiącach lat nieobecności powróciły Anioły Cienia. Tajemnicze istoty porywają ludzi i kradną z nich energię życiową. Jedyną bronią ludzkości przeciw najeźdzcy są trzy roboty, które razem tworzą potężną broń zwaną Aquarionem. Za sterami tego mecha zasiada trójka pilotów posiadających nadprzyrodzone zdolności.