Due terzi della popolazione sono scomparsi a causa della Grande Catastrofe avvenuta undici anni prima. Gli Angeli delle Tenebre di Atlandia, risorti dall'estinzione dopo dodicimila anni, terrorizzano i sopravvissuti alla disperata ricerca del Prana, la bioenergia degli esseri umani. Per contrastarli viene fondata un'agenzia speciale chiamata Deava che recupera dal mare tre macchine ibride da combattimento, che già una volta hanno sconfitto gli Angeli delle Tenbre, per dare vita all'angelo meccanico Aquarion. Per poter operare l'angelo ha bisogno di tre Element dal cuore puro e dalle capacità sensoriali molto sviluppate. In tutto il mondo si svolgono le selezioni per reclutare i candidati adatti. E la guerra sacra ha inizio.