Tooru Soma ist Mitglied von Steppen Wolf, einer Hackergruppe. Diese Gruppe beschließt noch eine letzte Attacke auszuführen, indem sie sich in das Netz von FLAK hacken, einer führenden Militärorganisation, die von den Vereinten Nationen geleitet wird, um Cyber-Terrorismus zu bekämpfen. Sie werden jedoch schnell entdeckt, was zum Tod von Yuuya, dem Anführer von Steppen Wolf, sowie der Verhaftung der Mitglieder führt. Um einer langen Haftstrafe zu entgehen, beschließt Tooru FLAK beizutreten und gleichzeitig nach den Verantwortlichen für den Tod von Yuuya zu suchen. Während er nun den Mörder seines Freundes sucht, muss er gleichzeitig die Netzwerke vor Fei Dao schützen, einer Extremistengruppe, die die Stabilität der vernetzten Welt bedroht.