전 세계를 아우르는 네트워크가 구축되고 정보 네트워크가 절정에 이르는 시대에, 두 개의 발달된 세계가 존재한다. 하나는 "현실 세계"이고, 다른 하나는 "유선"이라는 가상 네트워크 세계이다. 소우마 토오루는 Steppen Wolf라는 해커 그룹에 속해 있으며, 네트워크를 자유롭게 서핑하고 있다. 그들의 마지막 임무에서 UN군의 데이터베이스를 공격하는 동안, 그는 친구이자 팀 리더인 노노무라 유우야를 잃게 된다. 토오루는 군대에 체포된다. 석방되는 대가로, 그는 UN 보안부 정보 관리국 제1부대라는 반 해커 조직을 위해 일해야 한다. 그들과 함께 일하면서 토오루는 친구를 죽인 범인을 찾는다. 다른 멤버들 역시 각자의 이유로 싸움을 계속한다. 테러리스트 그룹, 보안 기업, 군대 간의 삼자간 전투가 매일 계속된다. 이러한 충돌 속에서 몇 가지 관련 없어 보이는 사건들이 발생하면서, 큰 사건이 다가오고 있음을 분명히 알 수 있다.