ในโลกของมาโดกะนั้นมีสิ่งมีชีวิตลึกลับที่สามารถทำให้ความปรารถนาของเด็กสาวที่ถูกเลือกเป็นจริงขึ้นมาได้ อย่างไรก็ตามเด็กคนนั้นจะต้องกลายมาเป็นสาวน้อยเวทมนตร์ และใช้เวทมนตร์ต่อสู้กับแม่มด สัตว์ประหลาดชั่วร้ายที่เกิดมาจากคำสาปซึ่งทำให้เกิดการฆาตกรรมและการฆ่าตัวตายปริศนา นักเรียนปึสองคานาเมะ มาโดกะ และ เพื่อนของเธอ มิกิ ซายากะ ได้พบกับคิวเบย์ สิ่งมีชีวิตปริศนาและสาวน้อยเวทมนตร์ โทโมเอะ มามิ โดยทั้งสองได้เสนอให้มาโดกะมาเป็นสาวน้อยเวทมนตร์ โดยที่อีกสาวน้อยเวทมนตร์ชื่อ อาเคมิ โฮมูระ พยายามที่จะกีดกันมาโดกะจากการทำสัญญาโดยไม่นานมาโดกะจะได้รู้ว่าการเป็นสาวน้อยเวทมนตร์นั้นมีอะไรมากกว่าที่เห็น