ตำนานเล่าว่าเมื่อครั้งที่โลกถูกทำลายลง ช่างนาฬิกาผู้ยิ่งใหญ่นามว่า Y ได้สร้างโลกใบใหม่ขึ้นมาทดแทนด้วยฟันเฟืองและกลไกจักรกลทั้งหมด นาโอโตะ มิอุระ คือเด็กหนุ่มผู้มีความใฝ่ฝันอยากจะเป็นช่างนาฬิกาที่เก่งกาจ ทว่าแม้เขาจะมีพรสวรรค์พิเศษอย่าง หูรู้อดีต ที่สามารถเข้าใจระบบกลไกซับซ้อนได้ทันทีเพียงแค่ฟังเสียง แต่เขากลับแทบไม่มีความก้าวหน้าในสายอาชีพนี้เลย แต่แล้วทุกอย่างก็เปลี่ยนไป เมื่อโลงศพปริศนาตกจากฟากฟ้าทะลุลงมาในอพาร์ตเมนต์ของเขา ภายในนั้นคือ ริวซึ (RyuZU) ออโตมาตอน (หุ่นยนต์กลไก) สาวสวยที่ถูกสร้างขึ้นโดยฝีมือของ Y เองกับมือ การปรากฏตัวของริวซึดึงดูดให้ มารี เบลล์ เรกูเลต์ ทายาทอัจฉริยะจากตระกูลช่างนาฬิกาชั้นสูง และ ไวน์นีย์ ฮัลเทอร์ บอดี้การ์ดไซบอร์กของเธอ เข้ามาพัวพันในชีวิตของนาโอโตะ เมื่อพวกเขาต้องร่วมกันต่อสู้เสี่ยงตายในเหตุการณ์ที่เต็มไปด้วยอันตราย พวกเขาก็ได้ค้นพบความจริงอันน่าสะพรึงว่า โลกฟันเฟือง ที่มนุษยชาติอาศัยมานานนับพันปีลูกนี้กำลังเริ่มพังทลายลง... และนั่นคือความลับที่มีคนพร้อมจะฆ่าปิดปากทุกคนเพื่อปกป้องมันไว้