Fyra sköldpaddor faller ner i kloakerna och blir vänner med Hamato Yoshi, en japansk man som förvisats till New York och tvingas bo i kloakerna. En dag ser han ett konstigt grönt sken som förvandlar de fyra sköldpaddorna till människoliknande varelser. Hamato förvandlas till en gigantisk råtta av det gröna skenet och blir nu sköldpaddornas sensei som lär dem allt om konsten att vara ninjas. Tillsammans med tv-reportern April O'Neil slåss sköldpaddorna mot den onde Shredder och hans kompanjon Krang.