История рассказывает о Нанохе Такамачи, 9-летней младшекласснице, живущей вместе со своими родителями, старшими братом и сестрой. Обычная повседневная жизнь Нанохи заканчивается, когда она спасает раненного говорящего горностая, который оказывается магом по имени Юно Скрая. Юно, археолог из параллельной вселенной, прибыл на Землю, чтобы собрать двадцать одно «Драгоценное Семя», которые являются древними и опасными артефактами, впервые обнаруженные им ещё в своём мире. И теперь Юно, раненный одним из таких монстров, должен положиться в этом деле на Наноху, выздоравливая тем временем в форме горностая. Он даёт ей «Интеллектуальное устройство» - волшебную палочку по имени «Восходящее Сердце», и Наноха, неожиданно для них обоих, показывает высокую способность к магии. И так, двое начинают сражаться с монстрами и собирать Драгоценные Семена, не подозревая, что они не единственные, кто охотится за Семенами…