O estudante do segundo ano do ensino secundário Ichirou Satou sempre foi uma pessoa mediana, até que se depara com algumas situações nada comuns com a sua professora, Kana "A Demónio" Kojima. Kojima é a professora de língua japonesa de Satou, conhecida pela sua dureza que faz até os delinquentes escolares se curvarem perante ela. Num dia fatídico, as coisas escalam quando Satou encontra Kojima na casa de banho, levando-os a partilharem um momento íntimo que faz a imaginação dele enlouquecer durante dias a seguir. Nande Koko ni Sensei ga? acompanha o dia-a-dia de Satou e a sua professora enquanto continuam a encontrar-se em condições semelhantes, aproximando-se cada vez mais a cada encontro.