Na Academia Privada Akane, onde os alunos que possuem memórias das suas vidas passadas estão a ser treinados para usar Artes Ancestrais, de modo a servirem como defensores contra monstros, chamados Metafísicos. Conhecidos como salvadores, os alunos são divididos em duas categorias: os kurogane, que conseguem usar a sua prana para invocar armas ofensivas, e os kuroma, que são capazes de utilizar magia. A história começa seis meses antes do grande clímax, durante as cerimônias de abertura no primeiro dia do ano lectivo. O personagem principal, Moroha Haimura, encontra uma rapariga chamada Satsuki Ranjou, que revela que foi a irmã mais nova de Moroha em uma vida passada, onde Moroha era um príncipe heroico capaz de derrubar exércitos inteiros com suas habilidades com a espada. Ele conhece outra rapariga, Shizuno Urushibara, que revela que também conhecia Moroha em uma vida passada, onde ele era um senhor das trevas capaz de usar magia destrutiva, mas a salvou de uma vida de escravidão.