Existem aqueles com habilidades especiais para manipular objectos e transformá-los em outros objectos chamados Alquimistas. No entanto, esse processo de manipulação tem um preço, uma vez que as regras básicas da alquimia afirmam que é necessário algo de valor equivalente para realizar a manipulação. O renomado alquimista Edward Elric perde o seu irmão mais novo Alphonse num acidente. Edward consegue conter a alma do seu irmão numa grande peça de armadura, mas ao fazer isso, Edward perde o seu braço e a sua perna. E assim, os irmãos partem em uma jornada perigosa para recuperar os seus corpos originais.