Devido a escolhas de estilo de vida pobres, o corpo de certo humano está em constante turbulência. Com germes, bactérias e substâncias estranhas em abundância, as funções de várias células tornam-se cada vez mais difíceis e perigosas. Como alguns dos infelizes que cresceram neste ambiente caótico, Sekkekkyuu AA2153 e Hakkekkyuu U-1196 esforçam-se para cumprir os seus deveres, mesmo que isso signifique ver muitos dos seus companheiros de células perderem as suas vidas em dever. Situado num ambiente bastante diferente da sua história mãe, Hataraku Saibou Black retrata as lutas das células enquanto tentam manter a saúde do corpo. No entanto, a condição do humano continua a deteriorar-se, e se esses esforços resultarão ou não em algo concreto depende das células!