Akcja Kujira no Kora wa Sajou ni Utau rozgrywa się w świecie pokrytym bezkresem pustyni. Głównym bohaterem jest chłopiec imieniem Chakuro, który razem ze swoim ludem żyje na pokładzie ogromnego statku "Błotny Wieloryb" dryfującego po oceanie piasku. Ani Chakuro, ani jego przyjaciele nie znają innego świata poza pustynią. Pewnego dnia, kiedy jego grupa eksploruje opuszczoną wyspę, znajduje on ledwo żywą dziewczynę. Pierwszą osobę spoza ich statku jaką kiedykolwiek spotkali.