Een jonge man genaamd Masato Akitsu wordt gevangen genomen door een geheime overheidsinstantie getiteld Last Guardian. Er wordt verteld dat zijn normale studentenleven een leugen was en dat zijn ware bestemming zou zijn om op een gigantische machine te rijden genaamd de Heavenly Zeardermer, die het land van Hau Dragon verdedigde, een organisatie die van plan was de wereld te veroveren door de kracht van zijn machines.