Kōjiro Shindō is een zeer bekwame onderhandelaar die werkt voor het ministerie van Buitenlandse Zaken. Terwijl zijn vliegtuig op de luchthaven Haneda zich klaarmaakt om op te stijgen, verschijnt er een enorme mysterieuze kubus uit de lucht. 'Het' breidt zich snel uit en absorbeert het passagiersvliegtuig en zijn 252 passagiers. De naam van de kubus is 'Kado'. Een vreemd wezen genaamd Yaha-kui zaShunina verschijnt vanuit Kado en probeert contact te maken met de mensheid. Shindō, die werd opgenomen door Kado, neemt uiteindelijk de rol van bemiddelaar op zich tussen Yaha-kui zaShunina en de mensheid. De Japanse regering stuurt haar eigen onderhandelaar, Saraka Tsukai.