Mihama Academy, op het eerste gezicht een gesloten leerinstelling voor studenten die niet met hun omgeving kunnen omgaan. In werkelijkheid is het echter meer een mengsel van een boomgaard en een gevangenis, die verondersteld wordt het rotte fruit van de samenleving ervan weg te houden. Er wonen momenteel vijf meisjes in de academie, die allemaal hun eigen reden hebben waarom ze hier terecht zijn gekomen. In de loop van de tijd hebben ze elk een routine gevonden waarmee ze met hun huidige situatie kunnen omgaan. Maar deze routine wordt abrupt onderbroken wanneer de eerste mannelijke student plotseling op school verschijnt: Kazami Yuuji. Zijn komst brengt beweging in het leven van de meisjes, maar het is nog maar de vraag of hij hen zal kunnen helpen een nieuw leven te vinden of dat hun verleden een onoverkomelijke hindernis zal blijken te zijn. En natuurlijk rijst de vraag: wat is de reden voor zijn verschijning?