Het verhaal draait om een ​​eerstejaars middelbare scholier, Teiichi Niiya, die zich net had ingeschreven aan de Seikyou Private Academy. Wanneer hij verdwaalt in een van de oude schoolgebouwen, ontmoet hij een meisje genaamd Yuuko Kanoe, die zichzelf openbaart als een geest zonder herinneringen. Teiichi besluit vervolgens haar dood te onderzoeken door samen met Kirie Kanoe, Yuuko's familielid, en de onbewuste tweedejaars Momoe Okonogi diep in de beruchte Zeven Mysteries van de legendarische school te duiken. Door het hele verhaal heen ontdekken Teiichi en Yuuko de waarheid over deze spookverhalen en helpen ze degenen die in de problemen zitten, terwijl ze steeds dichter bij de waarheid achter Yuuko's dood komen.