'IS' staat voor 'intersekse', een term die verwijst naar mensen die niet duidelijk als man of vrouw kunnen worden geclassificeerd en biologische kenmerken van beide geslachten hebben. IS Otoko Demo Onna Demo Nai Sei～ gaat over de jongen Hoshima Haru, wiens problemen heel duidelijk worden in deze serie. Hoshino Haru is een intersekse jongen die bij zijn geboorte als meisje werd geregistreerd, maar als jongen werd opgevoed. Aihara Miwako is een mysterieuze klasgenoot die dicht bij Haru probeert te komen. Ibuki Kenji is lid van een voetbalclub. Terwijl Haru dichter bij Kenji komt, begint er een chaos van emoties in haar...