'Miss D.' overtuigt de Galactische Raad ervan dat Yuna gevaarlijk is, en de Galactische Raad stuurt Special Investigator Class-A, Saline Misaki, naar de Aarde om Yuna te observeren. Daarnaast stuurt juffrouw D. haar assistenten Lucia en Lica. Ze worden verondersteld Yuna de stad uit te lokken, zodat Miss D. zich kan voordoen als Yuna en op rooftocht kan gaan in de stad met een nep-El-line. In het spel werd Yuna gekozen als een vechter van het licht en moet ze vechten tegen de krachten van de duisternis. Ze wordt gesteund door andere 'Galaxy Fräuleins'. Ze kan ook gebruik maken van de El-line gevechtsrobot. Meestal gaat ze naar een gewone school op aarde met haar eeuwig hongerige, maar ongelooflijk sterke vriend Yuri. Yuri is een androïde die ze heeft gevonden in een tombe op de maan. Maar het heeft alle herinneringen verloren aan wanneer en waarom het is gemaakt.