Anna Akechi is een 14-jarig meisje dat in het tweede jaar van de middelbare school zit en woont in Makoto Mirai City! Geleid door een fee genaamd Pochitan, die op haar verjaardag met een hanger in haar kamer verscheen, reist ze terug in de tijd van 2027 naar Makoto Mirai City in 1999...! Daar ontmoet ze Mikuru Kobayashi, een 14-jarig meisje dat ervan droomt een topdetective te worden! Plotseling gebeurt er iets!? Het lijkt erop dat iemand in de problemen zit nadat er iets belangrijks is gestolen...? Zou dit incident veroorzaakt kunnen zijn door de Phantom Thieves...? We kunnen mensen in nood niet negeren...! Met die gedachte in het achterhoofd transformeren Anna en Mikuru in de Star Detective Pretty Cure!! De Star Detective Pretty Cure zullen ieders glimlach beschermen met de kracht van deductie! Los dat mysterie op! Cure It! En zal Anna in staat zijn om terug te keren naar haar eigen tijd...!?