De tijd van onderdrukking en wetteloosheid in diepe ruimte is begonnen. Om zichzelf te behouden, heeft de mensheid met tegenzin vrede geaccepteerd met de binnenvallende kracht van mechanische mensen. Warrius Zero, een kapitein van de huurling Armada, heeft zijn directe familie verloren tijdens de oorlog voor de aarde. Gereduceerd tot het bedienen van de gemechaniseerde overwinnaars, voert Zero zijn bevelen uit zonder de wil om weerstand te bieden. Nu heeft hij een missie ontvangen als geen ander. Zero is bevolen om naar de verste uithoeken van het universum te reizen om op te jagen op een enkele gezochte man die bij iedereen bekend is als ruimte piraat Harlock.