Vijf vrouwelijke middelbare school vrienden herenigen zich als de geheime misdaad bestrijdings organisatie die bekend staat als Sailor Victory. Ze voeren het bevel over drie gigantische Ninja-robots, Gion, Momoyama en Sagano, en bestrijden het kwaad in de virtuele toekomstige stad Mikado. Wanneer een in ongenade gevallen en ontevreden stadsambtenaar zich tot de duistere kant wendt, bundelt hij zijn krachten met de kwaadaardige en sinistere Margarita. Terwijl hij alleen maar de bemanning van Sailor Victory wil vernederen, is Margarita's doel de volledige en totale vernietiging van Mikado City. Alleen de lieve en onschuldige Sailor Victory kan de stad tegen deze kwaadaardige macht beschermen.