지구에서부터 시작된 인간의 우주 개척은 활발하게 진행되었다. 이 개척의 중심에는 은하철도의 발달이 있었고... 거의 전 우주로까지 영역이 넓혀진 은하철도인 만큼 안전관리가 필수사항이 되었고, 이 임무를 수행하기위해 SDF라는 은하철도 경비대가 탄생하게된다. 유키 와타루는 이 SDF소속 시리우스 소대의 소대장으로 있으면서 그간 많은 업적을 쌓아올렸다. 잠시 데스티니에 있는 집에 들렀다 비상호출을 받고 다시 출동하게된 와타루... 그러나 그의 두 아들이 몰래 잠입하여 이들과 함께 비상사태가 발생한 장소로 출동하게된다. 한 편, 이 비상사태는 차원단층이라는 우주의 지각변동이 일어나면서 주변의 열차운행이 불가능하게되자 은하철도관리국에서 선포한 것이었다. 현장에 출동한 시리우스 소대원과 와타루의 두 아들 마나부와 마모루, 놀랍게도 차원단층속에서 다른 차원에서의 불청객이 이 우주로 넘어오려는 것이 확인되자 이를 저지하려 한다. 그러나 다른차원에서의 존재인만큼 현 과학력으로는 이들을 물리칠 방도가 없다. 결국 와타루는 소대원과 자신의 아들들을 피신시킨채 정체불명의 외계인들을 향해 돌진, 자폭을 감행하여 이 위기를 넘긴다. 아버지를 잃은 슬픔도 있지만, 그의 뜻을 기리려 장남인 마모루가 곧바로 SDF에 입단한다. 그러나 그가 떠난 며칠 뒤 전사소식이 전해지고... 아버지에 형을 잃은 마나부지만 SDF에 대한 꿈을 버리지 않고 합류를 결정, 아버지가 몸 담고 있던 시리우스 소대에 편성되어 은하철도 승객들의 안전을 책임지기 위한 구조대로써의 임무를 수행해 나간다.