때는 0079년 12월. 1년 전쟁은 막바지이자 절정으로 치닫고 있는 중이었다. 연방정부는 뉴타입인 아무로 레이의 뛰어난 반사신경을 건담이 따라가지 못하는 점에 주목하여, 새로운 건담 개발에 착수한다. 이런 움직임을 눈치챈 지온은 사이클롭스대라는 특수부대를 남극에 파견, 이를 강탈하고자 한다. 하지만 이미 건담은 우주로 쏘아올려보내진 뒤였다. 한편 중립 콜로니인 사이드-6에 살고 있는 소년 알프레드는 밀리터리 매니아로, 지구 연방군보다는 지온의 군장 등에 더 관심이 많은 소년이다. 애칭은 알. 알은 우연히 공항에서 건담이 들어있는 콘테이너 박스를 촬영하게 된다. 게다가 어렸을때 알고 지내던 누나인 크리스티나 멕켄지와 재회하게 된다. 다음날 벌어지는 연방과 지온의 전투. 알은 자신의 머리 위쪽을 지나 숲으로 추락한 쟈크를 쫓아갔다가 지온의 신참 파일럿인 버나드 와일즈맨, 즉 바니를 만나게 된다. 그 후, 알과 크리스티나, 바니는 서로를 알게 되고, 바니와 크리스는 서로에게 호감을 갖게 된다. 하지만 크리스가 지구 연방군 산하 건담의 테스트 파일럿인지를 모르는 바니, 또 바니가 지온군의 쟈크 파일럿인지 모르는 크리스. 바니가 쟈크의 파일럿인걸 아는 알. 이들의 얽히고 섥힌 관계는 소년에게 씻을 수 없는 고통을 안겨주게 된다.