21세기 초, MU라는 정체불명의 존재들에게 습격당하여 일본의 수도 도쿄는, MU에 의해 고립되었다. MU에게 점거당한 도쿄에는 목성과 흡사하게 생긴 배리어가 쳐져 함부로 나갈 수도, 들어갈 수도 없게 되었고 이렇게 변해버린 도쿄에서는 바깥보다 시간이 6배 느리게 흘러가며 이른바 이 도쿄 쥬피터 안에서 살고 있는 이들은 어떤 계기로 인해 도쿄 외의 세계가 모두 멸망해버렸다는 거짓된 기억을 주입받은 채 살아가게 된다. 도쿄 쥬피터 안에서 평화롭게 살아가고 있던 카미나 아야토는 어느날 전차 사고를 당해 도움을 줄 사람을 찾기 위해 거리로 나왔다가 전쟁이 벌어지고 있다는 사실을 깨닫게 되고, 거리에서 몇 년 전의 그 사건 이후로 본 적이 없었던 동급생 미시마 레이카의 모습을 발견하고 쫓아가다가 갑자기 자신을 찾아와 진실을 보여주겠다고 말하는 시토 하루카에게 이끌려 도쿄 쥬피터를 벗어나게 된다. 하지만 도쿄를 탈출하려던 찰나 무언가가 자신을 부르고 있다며 홀연히 전투기에서 탈출한 아야토는 연주자로써 각성, 신전에 있던 거대병기 라제폰에 탑승하게 되고 정체불명의 병기와의 전투 끝에 하루카, 라제폰과 함께 장벽 밖으로 나가게 된다. 장벽 밖으로 나온 아야토는 도쿄 쥬피터에 대한 모든 사실을 알게 되고 하루카가 소속된 대 MU 전략 연구 기관인 테라에 들어가 속속들이 출현하는 MU의 병기인 돌렘들과 싸워나가게 된다.