제2차 네오디온 전쟁(샤아의 반란) 이후 12년. U.C.0105 —— . 지구연방정부의 부패는 지구오염을 가속화시켜 강제로 민간인을 우주로 끌고 가는 비인도적 정책인 「사람 사냥」도 행해지고 있다. 그런 연방정부 고관을 암살하겠다는 가혹한 행위로 저항을 시작한 것이, 반지구연방정부운동 「마프티」. 리더의 이름은 마프티 나비유 에린. 그 정체는 일년전쟁을 싸운 연방군 대좌 브라이트 노아의 아들 「하사웨이」였다. 아무로 레이와 샤아 아즈나블의 이념과 이상, 의지를 담은 전사로서 길을 개척하려는 하사웨이지만 연방군 대좌 케네스 슬렉과 수수께끼의 미소녀 기기 안달루시아와의 만남이 그 운명을 크게 바꿔간다.