뉴욕시. 돌연변이 닌자 거북이들은 생애 최대의 전투를 겪는다. 그 상대는 무시무시한 닌자 집단 풋 일족과 그 두령 슈레더, 그리고 외계인 군단 장군 크랭이다. 이 모든 것은 지구 정복에 가장 큰 방해가 되는 두 장애물을 일거에 제거하기 위해 차원 이동을 실행한 크랭의 함정이었으니…. 고담시. 이미 펭귄, 킬러 크록, 라스 알 굴 등 배트맨이 물리쳐야 할 적들로 가득하던 그곳에 새로운 적이 나타난다. 고담이라는 다른 세계로 차원 이동한 슈레더와 닌자들. 그들은 고향으로 돌아갈 장치를 만들기 위해 고담을 들쑤시더니, 어느새 배트맨의 가장 무서운 적들과 손잡고 고담 정복 음모를 꾸민다. 이에 영웅은 미처 예측 못 했던 모습으로 등장했으니, 레오나르도, 도나텔로, 미켈란젤로, 라파엘로, 그리고 스플린터 사부가 나타나 배트맨의 동료가 된다! 과연 박쥐와 생쥐, 거북이 연합군은 두 세계 최악의 악당들을 무찌를 수 있을 것인가?