도시에서 시골 친척집으로 이사온 후 지루한 일상을 보내던 소녀 메리는 어느 날, 길 잃은 고양이를 따라갔다가 신비로운 숲을 발견한다. 그 곳에서 7년에 한 번 밖에 피지 않는 비밀스러운 마녀의 꽃 '야간비행'과 마법으로 봉인된 낡은 빗자루를 발견하는 메리. '야간비행'을 통해 메리는 마법의 힘을 얻고, 낯선 마법세계에 도착한다. 그러나 마녀의 꽃 '야간비행'의 비밀이 서서히 드러나면서 메리는 위기에 처하게 되는데... 평범한 소녀 메리의 환상적인 모험 가슴 뛰는 마법이 시작된다!