초대 나데시코의 함장이었던 미스마르 유리카와 텐카와 아키토가 신혼여행 중의 사고로 사망한지 2년... 서기 2201년. 우주각지를 ‘보손 점프’로 연결시키는 꿈의 네트워크 히사고 플랜의 건설이 진행되고 있던 그 때, 터미널 콜로니가 파괴되는 사건이 연속하여 발생한다. 이 사건의 조사를 위하여 지구연합 우주군은 기동전함 나데시코 B를 메인 터미널 콜로니인 아마테라스에 파견한다. 기동전함 나데시코 B의 함장은 초대 나데시코의 오퍼레이터를 담당했던 16살의 미소녀 호시노 루리. 그녀가 아마테라스의 조사를 시작했을 때 이변이 일어난다. 콜로니의 모든 컴퓨터 윈도우에 [OTIKA]라는 문자가 표시되면서 조작 불능이 된다. 여 함장, 호시노 루리. 그녀에게 내려진 새로운 특명?! 사랑하는 이들을 찾아 떠나는 그녀의 여정이 지금 시작된다.