5년 동안 미국의 보호 연방 지역에서 저항하는 인디언들과 이들의 두목 제로니모 체포작전에 데이비스 소위(맷 데이먼)와 게이트우드 중위(제이슨 패트릭)가 파견된다. 제로니모(웨스 스투디) 는 인디언에 대해 편견을 가지지 않은 두 사람을 신뢰한다. 잠시 잠잠한 듯하더니 파견중인 군대가 싸움을 부추기는 무당을 죽이는 사건이 발생한다. 두 장교와의 약속을 어기고 인디언들을 데리고 다시 잠적해버리는 제로니모. 많은 인디언들을 데리고 다니던 제로니모는 식량을 약탈하기 시작한다. 데이비스와 게이트우드가 최종협상을 시도하지만 제로니모는 이를 거절한다. 책임을 느낀 크룩 장군(진 헤크먼)은 사직하고 후임으로 마일스 장군(케빈 티게)이 부임한다. 마일스는 케이트웃한테 아파치의 생계 보장을 조건으로 제로니모를 마지막으로 설득시킬 것을 명령한다. 제로니모는 케이트웃을 만나자 더이상 싸울 수 없음을 예감한다. 1886년 9월 5일 마침내 제로니모는 35명의 아파치를 이끌고 연방군에 투항하는데...