유우키 마코토는 어렸을 때 사고로 부모님을 잃고 친척의 손에 맡겨져서 다른 곳으로 이사를 갔다가 10년만에 원래 살던 곳으로 전학온다. 마코토가 전학 간 월광관 고등학교는 일반 사립인 듯 했으나 사실 페르소나 능력자들이 집합되어 있는 곳이었다. 마코토는 기숙사에서 쉐도우라는 괴물에 습격 받으면서 페르소나 능력의 존재를 각성을 한다. 마코토는 자신과 같은 페르소나 능력자들을 통해 자신이 살고 있는 세계의 이면에 있는 쉐도우라는 존재를 알게 된다. 그리고 동료들과 함께 쉐도우의 피해자들을 구하기 위해 노력하는데......