「가면라이더」와「슈퍼전대」 시리즈가 공동 출연한 「가면라이더×슈퍼전대 슈퍼 히어로 대전」(2012)에 이은 「슈퍼 히어로 대전」시리즈 제 2탄으로, 새롭게 「우주형사 갸반」외 메탈 히어로 시리즈의 우주형사도 참전. 일찍이 비밀결사 쇼커가, 마법의 힘으로 스페이스 쇼커로서 새로 태어났다. 우주 전역에서 마법의 폭주 현상이 발생해, 소우마 하루토=가면라이더 위저드는, 그 현상을 일으킨 장본인으로서 은하 연방 경찰로부터 파견된 쥬몬지 게키=우주 형사 갸반의 공격을 받는다. 또, 스페이스 쇼커를 추적하던 게키는, 우주 형사 샤리반이 넘어뜨렸을 범죄 조직 마도와 조우. 은하 연방경찰은 초차원포를 사용해 지구마다 마도와 스페이스 쇼커를 소멸시키려 하는데....