타고난 재능과 강인한 결단력을 지닌 특수부대 대위 듀크는 가공할 파괴력의 최첨단 무기를 운반하는 임무 중 정체불명의 공격으로 팀원들을 모두 잃는다. 무기를 노리고 공격을 해온 이들은 인류를 위협하는 테러리스트 군단 코브라. 치명적인 매력으로 일급 기밀을 손에 넣어 전세계를 파괴하려는 코브라의 계획에 앞장선 배로니스와 선과 악의 구분 없이 주어진 임무만을 수행하는 비밀 병기 스톰 쉐도우가 속한 코브라 군단에 맞서기 위해 전세계 최정예 엘리트 멤버들만이 모인 특수군단 지.아이.조가 투입되고, 듀크 역시 이에 합류한다. 그리고, 이집트 사막부터 극지의 빙하에 이르기까지 불가능도 실패도 없는 두 군단 지.아이.조와 코브라의 격돌이 시작되는데…