2118년 2월. 공안국 총괄 감시관으로 회의에 참석하던 츠네모리 아카네에게 외국 선박에서 사건이 일어났다는 연락이 들어온다. 같은 회의에 참석하고 있던 후생성 통계본부장 신도 아츠시와 함께 아카네는 현장으로 급행하나 왜인지 수사권은 외무성 해외조정국 행동과에게 위임되어 있었다. 선박에서는 아츠시가 회의에 손님으로 부른 밀리시아 스트론스카야 박사가 숨진 채 발견된다. 사건의 배후에는, 행동과가 계속 쫓고 있던 '피스 브레이커'가 있었다. 박사가 확립한 연구, 통칭 '스트론스카야 문서'를 노리고 '피스 브레이커'가 일으킨 사건이란 것을 안 형사과 1계는, 행동과와 공동 수사로서 팀을 편성한다. 그곳에는, 일찍이 공안국으로부터 도주한 코가미 신야의 모습이 있었다. 박사가 마지막으로 통신한 사이가 조지의 협조를 얻어 문서를 구하기 위해 데지마로 향한 1계였지만, '스트론스카야 문서'를 둘러싸고 예상을 초월한 큰 사건에 맞서게 되는 아카네와 코가미. 그 앞에는 일본 정부, 시빌라 시스템까지 뒤흔드는 어떤 진실이 숨겨져 있었다. 잃어버린 연결 고리를 잇는 <이야기할 수 없었던 이야기>가, 드디어 밝혀진다.