Quando Shoutarou Tatewaki incontra per la prima volta Sakurako Kujou, sa che la sua vita non sarà più la stessa. Inizialmente credendola responsabile di una scomparsa nel quartiere, in seguito scopre il suo vero talento: analizzare campioni di ossa. Sakurako ha una discreta collezione di ossa di animali ricostruite, ma vorrebbe avere più varietà umane, con grande dispiacere di coloro che le stanno intorno. Presto Shoutarou inizia ad accompagnare l'eccentrico osteologo nei molti diversi casi irrisolti che incontra, di solito sotto forma di corpi in decomposizione. Ma con così tanti incidenti che accadono intorno a loro, potrebbe esserci un mistero più grande al lavoro nelle loro vite? Sakurako-san no Ashimoto ni wa Shitai ga Umatteiru è la storia di due improbabili partner, ognuno dei quali mostra a modo suo che le ossa possono raccontare come è morto uno, ma solo le persone possono dire come hanno vissuto.