Il timido liceale Yugi Muto riceve dal nonno un misterioso pendente a forma di piramide, conosciuto con il nome di "Puzzle del Millennio". Dopo averne sciolto il rompicapo, Yugi fa venire alla luce il suo alter-ego che, a differenza sua, è sicuro di sé, spigliato nell'accettare senza timore le diverse sfide che gli vengono proposte, abilissimo nei diversi giochi di ruolo. Grazie a Yami Yugi, Yugi diviene pian piano più forte, riuscendo a costruire legami preziosi e al contempo una reputazione di duellante non indifferente. Sarà proprio la sua abilità nel gioco di carte "Duel Monsters" a fargli vivere avventure sempre più avvincenti, e conoscere persone e avversari sempre nuovi, fin quando si accorgerà che tutto è legato a quel Puzzle che porta al collo, non a caso il più prezioso dei sette Oggetti del Millennio...