Entro il 2039, il riscaldamento globale aveva causato l'innalzamento del livello del mare e la perdita di una grande quantità di territorio. Come in risposta, un misterioso gruppo di navi da guerra avvolte nella nebbia, "la flotta della nebbia", apparve in ogni angolo dell'oceano e iniziò ad attaccare le navi umane. Nonostante l'umanità avesse raccolto tutte le sue forze, furono completamente sconfitti dalla forza travolgente della Nebbia. Tutte le rotte commerciali dell'umanità sono state bloccate dalla Flotta della Nebbia, la loro economia politica è stata distrutta e la razza umana è stata costantemente sconfitta. Sette anni dopo, il sottomarino I-401 della flotta della nebbia appare davanti al cadetto Gunzo Chihaya. La forma di vita umanoide che pilota il sottomarino, che dovrebbe essere il loro nemico, sta invece offrendo i suoi servizi all'umanità.