Takumi Nishijou è uno studente delle superiori con la passione per gli anime e nessun interesse per le persone in 3D. Un giorno sogna una ragazza accanto ad un uomo trafitto da decine di spilli a forma di croce, e quando si sveglia trova uno di quegli spilli accanto a se. Il giorno dopo incontra una ragazza, Yua Kusunoki, con cui fa amicizia, e subito dopo in classe trova la ragazza del suo sogno, Rimi Sakihata, e nonostante lui non se la ricordi tutta la sua classe la tratta come una normale compagna. Dopo qualche giorno Takumi tornando a casa trova Yua che lo accusa di essere Newgen, il responsabile di una serie di omicidi che stanno avvenendo in città e nel quale è rimasta coinvolta anche la sorella di Yua. Da quel momento la sua vita cambia radicalmente, perché dietro tutti questi strani avvenimenti si nasconde un incredibile segreto, e Takumi è il centro di tutto.