Jin Kamishina è un ragazzo che ha perso il padre a causa di un incidente aereo e successivamente anche la madre e la sorella. Questi fatti sono l'hanno portato alla depressione, ma le cose cambieranno quando verrà coinvolto nel D-project, un piano ideato dall'ISDA (International Solarsystem Development Agency) per salvare la terra dall'impatto di un asteroide. Il piano si basa sui Dragonaut, degli esseri creati dalla fusione tra esseri umani e draghi. Ciò è stato possibile grazie al ritrovamento di un uovo di drago nelle profondità oceaniche. L'organizzazione si renderà presto conto che oltre all'asteroide c'è anche un'altra minaccia: dei draghi alieni.