Onegai Twins è il seguito della serie Onegai Teacher, che ha avuto grande successo sia in patria che qui da noi. I fatti si svolgono 2 anni dopo la conclusione della prima serie: Kei è ormai in terza superiore e Mizuho è sempre una delle insegnanti del liceo, ma i protagonisti principali non sono loro. Miyafuji Miina, Kamishiro Maiku e Onodera Karen, sono i protagonisti: tre ragazzi apparentemente diversi l’uno dall’altro ma legati tra di loro sia per lo stesso colore degli occhi, sia per una foto che ritrae un bambino e una bambina con una casa sullo sfondo. Ed è proprio quella casa nello sfondo di quella foto che i tre ragazzi riconoscono durante un servizio televisivo che parla di un avvistamento di un UFO che spinge i tre ragazzi a tornare in quella casa.