La storia si svolge in un Giappone alternativo che è stato devastato da pestilenza che devasta il corpo umano come una specie di ruggine. Il giovane avventuriero Bisco Akaboshi parte insieme alla dottoressa Milo Nekoyanagi alla ricerca di un leggendario fungo medicinale noto come Sabikui che si pensa possa essere una cura per la malattia.