Pochi istanti dopo la caduta di una bomba atomica su Hiroshima, un sottomarino giapponese segreto va in battaglia contro la sua controparte americana, ed entrambi sono persi nella storia. Circa cinquant'anni dopo, una task force speciale delle Nazioni Unite inviata per indagare su fenomeni insoliti in Antartide viene minacciata da un misterioso cilindro nero fino alla ricomparsa del sottomarino giapponese da tempo perduto. Tuttavia, l'incidente in Antartide è solo il primo round di una catastrofica battaglia di volontà tra due discendenti di un'antica razza che dimora all'interno della Terra. Contro di loro c'è un'unica, incredibile nave, la RA, un sottomarino da battaglia di classe Yamato costruito segretamente dopo la sua presunta distruzione durante la Seconda guerra mondiale.