La storia è ambientata nella prefettura di Nagasaki nella città di Minami Shimabara, la leggendaria origine della Ribellione di Shimabara che ha mandato onde d'urto in tutto il Giappone nel primo periodo Edo. È anche il luogo in cui uno studente del terzo anno delle scuole medie di nome Shirou trascorre le sue giornate con i suoi compagni di scuola. Un giorno d'estate, Akane, una vecchia amica d'infanzia di Shirou, torna a Minami Shimabara da Tokyo. Shirou e Akane fanno una passeggiata a Minami Shimabara con un altro amico di vecchia data, Tokiya. Mentre questi amici stanno affrontando la nostalgia e sentimenti più complessi, una misteriosa creatura chiamata Goron appare improvvisamente davanti a loro. Questo incontro con una piccola creatura fa sì che grandi eventi si svolgano ancora una volta in questa città...