Toshokan Sensou raconte l'histoire du gouvernement japonais après la validation d'une loi qui autorise la censure de n'importe quel média qui pourrait heurter la société. Le tout en déployant des agents qui sont censés lutter contre tout personne qui s'exprime librement dans les médias. Mais un comité s'est mis en tête de protéger les librairies des abus de pouvoir de ces agents du gouvernement, pour protéger la liberté. Le conflit continue jusqu'en 2019, moment où l'histoire commence. En accord avec le plan du calendrier japonais, 1989 est la date référence de la première année de l'ère Seika (正化), 2019 est donc Seika 31. La série est basée sur la nouvelle "Library War" de Hiro Arikawa.